１．NetCDFのインストール
（１）GMT公式サイトから「netcdf.tar.gz」をダウンロードしてくる。
（２）ダブルクリックして適当なディレクトリに解凍する
（３）ターミナルでコンパイル→インストール
$ cd （解凍先のパス）/netcdf-4.3.0-rc1 $ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --disable-netcdf-4 $ make check $ sudo su # make install
２．GMT＋矢羽パッチのインストール
（１）ダウンロード
公式サイトから「gmt-4.5.9.tar.bz2」をダウンロード＆ダブルクリックで適当なディレクトリに解凍
気象関係の図を書くのにほぼ必須となる矢羽パッチをGMT で矢羽を描くためのパッチからダウンロード。
（２）パッチの適用→コンパイル→インストール
$ cd GMT4.5.9 $ patch -p1 < ../gmt4.5.9_barb_src.patch20130118 $ ./configure --prefix=/usr/local/gmt --enable-netcdf=/usr/local/netcdf $ make all $ make suppl $ sudo su # make install-all
NetCDFとの関連ではまる方が多いようですが、私の所ではconfigureするときに「–enable-netcdf=/usr/local/netcdf」とNetCDFをインストールしたパスを設定しただけでうまく動いてくれました。
（少なくともsurface、grdimageは動いてくれました）
（３）パスを通す
テキストエディタで ~/.profile を開いて、
末尾に
PATH=”$PATH”:/usr/local/netcdf/bin:/usr/local/gmt/bin
を追加する→再起動
少しでも参考になれば幸いです。
この記事の作成(というかインストール)は下記のサイトを参考にさせて頂きました。この場を借りてお礼申し上げます。
NetCDF 4.1.3, GMT 4.5.7 install on Vine Linux 6
GMT で矢羽を描くためのパッチ – 気象学研究室
2017/5/18 追記：謎のshを貼り付ける(Ubuntu16.04へのインストールに使用)
2017/4/1 変更：Windows10(17.09)BashOnWindows、NetCDF4.3.2でエラー→4.3.0ならうまくいった
#NetCDFのインストール wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/old/netcdf-4.3.0.tar.gz tar zxvf netcdf-4.3.0.tar.gz cd netcdf-4.3.0 ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --disable-netcdf-4 make clean make check sudo make install cd ../ #GMTのインストール＆パッチ適用 #src/misc/gmtdigitize.c の冒頭(#defineが終わったあたり)に下記を追記すること #typedef unsigned int gid_t;typedef unsigned int uid_t; wget ftp://ftp.scc.u-tokai.ac.jp/pub/gmt/legacy/gmt-4.5.9.tar.bz2 tar jxf gmt-4.5.9.tar.bz2 echo "src/misc/gmtdigitize.c の冒頭(#defineが終わったあたり)に下記を追記" echo "typedef unsigned int gid_t;" echo "typedef unsigned int uid_t;" read dmy cd GMT4.5.9 patch -p1 < ../gmt4.5.9_barb_src.patch20130118 ./configure --prefix=/usr/local/gmt --enable-netcdf=/usr/local/netcdf make clean make all make suppl sudo make install-all cd ../ wget ftp://ftp.scc.u-tokai.ac.jp/pub/gmt/gshhg-gmt-nc3-2.2.4.tar.bz2 tar jxf gshhg-gmt-nc3-2.2.4.tar.bz2 sudo mv ./gshhg-gmt-nc3-2.2.4 /usr/local/gmt/share/coast/